Přeplatek, který vznikne poplatníkovi na dani z příjmů, vrátí poplatníkovi správce daně pouze na základě podané žádosti o vrácení přeplatku v souladu s §155 daňového řádu. Aby mohl správce daně žádosti vyhovět, musí přeplatek vzniknout nejpozději do lhůty šedesáti dnů od podání takovéto žádosti. Přeplatek z daně z příjmů vzniká k poslednímu dni lhůty pro podání daňového přiznání tj. při povinném auditu nebo podání daňového přiznání prostřednictvím daňového poradce dnem 1. července. Pokud by tedy v takovém případě podal poplatník žádost například v dubnu, přeplatek mu vznikne až 1. července, pak v období šedesáti dnů od podání žádosti přeplatek nevznikne a FÚ žádost o vrácení přeplatku zamítne.
Jiná situace nastává, pokud poplatník podá žádost o přeplatek na dani současně s daňovým přiznáním. Taková žádost pak bude brána v souladu s § 38zf zákona o daních z příjmů jako by byla podána poslední den lhůty pro podání daňového přiznání a šedesátidenní lhůta začne běžet až tímto dnem. Lze se tak vyhnout opakovanému podání této žádosti z důvodu propadnutí lhůty.
