Ústavní soud ve svém nedávném rozhodnutí zvrátil dosavadní praxi Nejvyššího správního soudu, když ve svém nálezu uvedl, že zadržování nesporné částky nadměrného odpočtu DPH je porušením vlastnického práva.
V daném případě správce daně po dobu trvání několikaleté kontroly zadržoval celou částku nadměrného odpočtu DPH vztahující se ke všem obchodním aktivitám, přestože rozsah kontrolních procesů byl limitován na obchodování pouze s drahými kovy. Stěžovatelka opakovaně požadovala zúžení kontroly jen na sporná plnění a vrácení té části nadměrného odpočtu, o níž správce daně neměl žádné pochybnosti. Této žádosti však správce daně nevyhověl. Obecné soudy v rámci následně podaných žalob se ztotožnili se správcem daně a k zadržování nadměrného odpočtu uvedly, že nesporná část musí sdílet osud té části, která je dosud prověřována.
Ústavní soud však jednoznačně uvedl, že zadržování nesporné části nadměrného odpočtu je protiústavním zásahem do vlastnického práva. V projednávané věci bylo do vlastnického práva stěžovatelky zasaženo tím, že po dobu trvání daňové kontroly jí byla správcem daně zadržována celá částka nárokovaného nadměrného odpočtu, přestože rozsah daňové kontroly se týkal pouze části zdanitelných plnění. Daňový řád sice výslovně neumožňuje nakládat s nespornou částkou odděleně od částky sporné, rovněž však v žádném svém ustanovení neumožňuje zadržovat nespornou částku společně s částkou spornou. Jestliže tedy Nejvyšší správní soud v napadeném rozsudku uvádí, že „nesporná část tohoto odpočtu musí sdílet osud té části, která je dosud prověřována,“ neplyne tento závěr z daňového řádu o nic víc než možnost vrácení nesporné částky daňovému subjektu.
Ústavní soud dále uvedl, že správce daně mohl cíle řádného výběru daní dosáhnout rozdělením nárokovaného nadměrného odpočtu na částku spornou a částku nespornou. Ačkoli daňový řád neuvádí možnost částečného rozhodnutí o výši daňové povinnosti, takové rozhodnutí není v intencích daňového řádu nemožné; právě naopak, je s ohledem na ústavně zakotvenou ochranu vlastnického práva jedinou ústavně konformní možností postupu správce daně.
